О происхождении вируса. Подкаст профессора Дростена

Может ли быть, что мы начали болеть еще осенью? Правда ли, что источник вируса - панголин? Насколько опасны мутации и как быстро они происходят?

Профессор Кристиан Дростен, руководитель отделения вирусологии берлинской университетской клиники Charite, стал одним из самых популярных в Германии источников информации о новом корона-вирусе и эпидемии и вызываемой им болезни Covid-19. Группа исследователей под руководством Дростена занимается разработкой надежных тестов для выявления вируса, он – один из ученых, которые консультируют федеральное правительство и власти Берлина. Несколько раз в неделю на радио NDR Info выходит его подкаст, в котором он рассказывает об актуальных исследованиях и новых данных о вирусе, комментирует меры безопасности, развеивает распространенные заблуждения и отвечает на вопросы. С Дростеном разговаривают попеременно научные журналистки Коринна Хенниг и Аня Мартини. Оригиналы всех подкастов можно найти на странице NDR Info.

Мы публикуем сокращенные переводы этих подкастов. Это вторая часть выпуска номер 40, который вышел 12 мая. Оригинал здесь. Первая часть "О теориях заговора" здесь

Здесь выпуски номер 15 "Про иммунитет и вакцины" от 17 мартаномер 19 "О пользе масок" от 23 мартаномер 20 "Об опыте других стран" от 24 марта и номер 21 "О тестах" от 25 марта , номер 22 "О лекарствах" от 26 марта , номер 23 "О симптомах и последствиях" от 27 марта, номер 24 "Когда же все это закончится" от 30 мартаномер 25 "Как происходит заражение" от 31 марта , номер 27 "Приложение вместо карантина" от 3 апреля , номер 28 "О способах заражения и защиты" от 6 апреля, номер 29 "Как проводить тестирование" от 7 апреля , номер 31 "Можно ли заразиться снова" от 14 апреля , номер 32 "О причинах смерти" от 16 апреляномер 33 "До коллективного иммунитета далеко" от 20 апреля , номер 34 "Мы утрачиваем преимущество?" от 22 апреля , номер 35 "Когда появятся вакцины" от 24 апреля[nbsp, номер 36 "Иммунный паспорт? Нет!" от 28 апреля , номер 37 "Новые исследования про детей" от 30 апреляномер 38 "Как политики давят на ученых" от 5 мая. и номер 39 "Новые тесты" от 7 мая, часть 1 и часть 2

Коринна Хенниг
[Важный вопрос – может быть, вирус появился намного раньше, чем это до сих пор принято считать. Возможно, тут играет определенную роль и временной зазор между заражением и моментом, когда наступает тяжелая фаза болезни.] Недавно большой резонанс вызвали сообщения о том, что коронавирус появился во Франции значительно раньше. Были опубликованы результаты ретроспективного исследования замороженных образцов, и там делается вывод, что вирус уже был во Франции в конце прошлого года. Насколько это вероятно с вашей точки зрения?

Кристиан Дростен
Я видел это исследование, оно было только что опубликовано, причем сразу как статья в рецензируемом профессиональном издании. У меня есть сомнения по поводу верности всех этих выводов. Есть несколько признаков, почему нужно относиться к ним с осторожностью. В исследовании речь идет о пациенте чуть старше 40 лет […]. В конце декабря он перенес относительно тяжелое острое легочное заболевание и был госпитализирован 27 декабря, сразу после Рождества. Тогда диагноз не был поставлен, через два-три дня состояние пациента улучшилось, его выписали и, по всей видимости, он выздоровел. Сохранился образец проб этого пациента, который хранился вместе с другими примерно 50 образцами проб пациентов, которых в этой больнице лечили от пневмонии в отделении интенсивной терапии.  Около половины из них были впоследствии протестированы с помощью ПЦР. И в одной из этих проб, в пробе пациента, о котором мы говорим, реакция ПЦР дала положительный результат, который, однако, не перепроверялся.

БЫЛ ЛИ ВИРУС В ЕВРОПЕ УЖЕ В ДЕКАБРЕ?

Следует понимать, что результаты ПЦР-теста недостоверны до тех пор, пока они не будут подтверждены последующими ПЦР-тестами, которые могут подтвердить наличие вируса по другим целевым участкам генома. Особенно в случае такого важного открытия. Когда это обычная рутинная работа в лаборатории или стандартный диагностический случай, мы смотрим, результат теста положительный или отрицательный? Если тест ПЦР положительный, мы считаем пациента инфицированным.

Коринна Хенниг
В нормальном повседневном случае.

Кристиан Дростен
Верно.  Но в подобном случае утверждается, что надо переписать всю инфекционную историю, когда говорится: на самом деле, во Франции, и, возможно, везде в мире, вирус появился на месяц раньше или даже еще раньше. И, вероятно, что-то было скрыто или не замечено. Если вы хотите опубликовать такие важные выводы, вы должны удостовериться, что они точны. В данном случае, помимо второго или третьего подтверждающего ПЦР-теста, это должно было бы включать в себя также секвенирование генома, то есть, определение всей последовательности генома вируса. Это можно сделать, если все результаты ПЦР окажутся положительными. С технической точки зрения сегодня это очень просто.

В этом случае мы увидели бы нечто особенное. А именно, вирус, мутационная констелляция которого соответствовала бы раннему вирусу. Потому что эти вирусы изменяются со временем и с течением времени подвержены параллельной мутационной активности. Если мы сегодня секвенируем вирус, то можем уже сказать, к какому месяцу он, скорее всего, относится. Если бы кто-то спросил нас, действительно ли это декабрьский вирус, я бы сказал, что могу с некоторой долей уверенности определить это по последовательности генома.

Коринна Хенниг
Без изменения его свойств для нас, пациентов?

Кристиан Дростен
Верно. Это не имеет ничего общего с фенотипом, не имеет ничего общего с тем, как вирус ведет себя при заражении. Это медленный, непрерывный процесс мутации. И есть еще кое-что, что стоило бы сделать. Если у вас есть пациент, который, как вы утверждаете, вероятно, был заражен уже в декабре, и этот пациент не умер, тогда вы должны провести серологический тест на наличие антител. Если у него действительно была инфекция, у него должны сегодня присутствовать антитела. Мы обсуждали тесты на антитела в подкастах несколько раз. Было бы очень легко позвонить этому пациенту и сообщить: у нас здесь очень подозрительный случай, и мы бы попросили вас предоставить нам образец крови, чтобы мы могли сделать тест на антитела. Кроме того, нужно провести эпидемиологическое наблюдение. У сына этого пациента в предшествующий период также была гриппоподобная инфекция, и сын тоже мог заразиться тем же вирусом. Можно было также протестировать ребенка. Тогда была бы подтверждена и передача инфекции.

Но всего этого не было сделано, начиная с первого подтверждающего теста, который якобы был сделан, но результат которого почему-то в публикации отсутствует. Поэтому все это очень неоднозначно. А это было бы очень просто сделать, потому что такой подтверждающий ПЦР-тест охватывает сразу несколько генов-мишеней. Это могло и должно было быть показано в публикации. Не было предпринято никаких попыток секвенирования, хотя это было несложно сделать. Не было предпринято никаких попыток протестировать сыворотку ни самого инфицированного пациента, ни его сына, о котором нет вообще никакой дополнительной информации. Поэтому я задаюсь вопросом: почему такое исследование вообще публикуется?

Есть еще кое-что, что вызывает у меня скепсис. Это сам тест, который был сделан, самый первый тест. Это наш тест, они использовали наши тесты. У пациента был определен слабый сигнал. Но положительный контроль, который они используют в этом тесте, невероятно мощный. Ни одна нормальная диагностическая лаборатория не использует такую высокую концентрацию положительной контрольной пробы для ПЦР. Это не делается, потому что известно, что если использовать в реакции много контрольного материала — который является копией вирусного генома — то очень высок риск того, что он попадет в другую пробирку. Мы говорим о перекрестном загрязнении. Поэтому результат теста может оказаться неверным просто потому, что вы сами загрязняете свой исследуемый материал положительным контролем. Поэтому положительный контроль всегда используется в очень небольшом количестве, всего несколько молекул на одну реакцию, чтобы избежать риска перекрестного загрязнения. Некоторые из приведенных в статье данных показывают, что авторы, очевидно, не знают, как обращаться с положительным контролем. И тем самым они рискуют получить ложноположительный результат. Я действительно должен сказать, что не понимаю, как можно было опубликовать это таким образом, как рецензенты смогли это пропустить. Ведь это совершенно точно прошло рецензирование. И я определенно не понимаю, как результаты такого исследования могут так широко освещаться в прессе и, тем самым, вводить в заблуждение научное сообщество.

Коринна Хенниг
Это исследование, к которому, несмотря на пройденное рецензирование, следует относиться с большой осторожностью. Пожалуй, хороший момент, чтобы еще раз обратиться к вопросу о происхождении вируса. Долгое время распространялась теория о возможном искусственном происхождении вируса из китайской лаборатории, откуда он мог случайно из клеточной культуры попасть наружу. Затем цитировались вирусологи, которые говорили, что это полная чушь. Достаточно внимательнее рассмотреть вирус, чтобы понять, что он имеет животное происхождение. Действительно ли секвенирование, то есть изучение генетического материала, дает какие-то подсказки? Можно ли это увидеть в лаборатории?

Кристиан Дростен
Существуют близкородственные вирусы у животных, и можно путем массового отбора проб таких животных найти вирусы, родственные этому. В Китае было проделано несколько небольших исследований.

ОТКУДА ПРОИСХОДИТ ВИРУС?

Интересно, что среди носителей этого вируса обнаружили панголина. Однако взятые из панголина последовательности, которые были опубликованы, вовсе не убеждают меня в том, что вирус действительно происходит от панголина. Но это также не обязательно означает, что он не имеет животного происхождения. Просто у нас так называемая ситуация с недостаточным количеством отобранных проб. То есть мы берем пробу то тут, то там, но не можем на основании этого сделать достаточно выводов о родстве этих вирусов.

Это так же, как как если попытаться, к примеру, выяснить, состоит ли дельфин в родстве с коровой. А он, кстати, состоит. Но мы никогда не изучали корову, мы изучали только лошадей и верблюдов, а иногда мышей и человека. Так что мы можем сказать, что лошадь во многих участках генома больше похожа на дельфина, чем на человека или мышь. Но у дельфина совершенно точно нет четырех конечностей. Вы понимаете, что я имею в виду: мы пытаемся сориентироваться в неизведанной области, потому что из морских млекопитающих мы видели только дельфинов. Но мы одновременно не исследовали множество других морских млекопитающих и состоящих в более близком родстве с ними коров. Если бы мы это сделали, у нас было бы гораздо лучшее свидетельство эволюции. Потому что доказать что-нибудь в эволюционной биологии очень сложно. Почти всегда все строится на умозаключениях, а для этого нужно особенно тщательно исследованные примеры. А в случае с панголином исследование неполное, а поэтому его выводы меня не убеждают. Это объясняется тем, что из нашей основной работы мы знаем, что все родственные SARS-вирусы можно обнаружить у летучих мышей, а именно, в определенных родах или семействах летучих мышей, у ринолофидов.

НОВЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ИЗ КИТАЯ

Недавно, кстати, опубликованы новые результаты, которые не так уж и новы для нашего института. Тем не менее, наши коллеги из Китая опередили нас в этом, опубликовав их. Речь идет об особом свойстве, а именно о конкретном месте расщепления протеазы. Это, кстати, дополнительный аргумент в спекуляциях о происхождении вируса. Тут мы попадаем в сферу конспирологии о лабораторном происхождении вируса. Существует множество теорий на этот счет. Именно это то самое дополнительное свойство данного вируса, на которое ссылаются, когда говорят, что оно есть только у этого вируса и не встречается ни у какого другого родственного вируса у животных. Его нет ни у летучих мышей, ни у панголинов, это абсолютно специфический участок в спайке поверхностного протеина вируса, S-гликопротеина (spike-protein).

Коринна Хенниг
Который отвечает за проникновение вируса в клетку?

Кристиан Дростен
Правильно, этот место расщепления с большой долью вероятности помогает вирусу проникать в клетку. Можно предположить, что способность репликации вируса в горле облегчается именно благодаря наличию этой спайки, отсутствующей в оригинальном коронавирусе SARS, его нет и в других SARS-вирусах у китайских летучей мышей, нет его и у вирусов панголинов. Сейчас, однако, китайские ученые нашли то, что мы уже видели в вирусах европейских летучих мышей Rhinolophus, а именно эту спайку. Она немного отличается от человеческого вируса SARS 2, но очень похожа. Так что мнение, что такой участок не встречается у SARS-вирусов, а значит, кто-то должен был искусственно встроить его в лаборатории, поэтому это лабораторный вирус — это мнение опровергнуто, тут больше не о чем говорить. Мы видим, что именно это и происходит в природе. Здесь повторяется дискуссия, которая уже была по поводу гриппа. Там уже много лет как ясно, что нечто подобное происходит в природе — под давлением естественного отбора, потому что это просто выгодно вирусу. Это результат случайности и нескольких эволюционных совпадений. В какой-то момент появляется вирус, который не просто чуть лучше реплицируется, но обладает огромным преимуществом в репликации. В этом случае возникает огромное эволюционное преимущество, и такой вирус будет преобладать.

Коринна Хенниг
В связи с вопросом о происхождении вируса были также заявления Люка Монтанье, который исследовал ВИЧ и был удостоен Нобелевской премии в 2008 году. Некоторое время назад в ходе телевизионной дискуссии он сказал, что в геноме коронавируса присутствуют последовательности вируса иммунодефицита человека. Это можно увидеть, и это могло быть сделано только искусственно. Действительно ли это видно? И если да, то может быть, это сходство совершенно нормально?

Кристиан Дростен
Действующему ученому-вирусологу очень трудно сказать, что лауреат Нобелевской премии по вирусологии говорит чушь. Но это полная чушь.

Коринна Хенниг
Потому что такие сходства есть в любом случае или потому что сходства не видно?

Кристиан Дростен
Да, подобные сходства не случайны.  На самом деле в научной дискуссии уже пришли к выводу, что это не так. Была предварительная публикация по этой теме, и по ее поводу был сформирован консенсус, общее мнение, и в результате публикация была отозвана. Эта тема закрыта. Она закрыта независимо от того, что говорит об этом в ток-шоу вышедший на пенсию нобелевский лауреат. Вопрос исчерпан, тема закрыта.

МУТАЦИЯ ВИРУСА

Коринна Хенниг
Хотелось бы закончить тему мутаций, потому что появилось еще одно новое исследование из США и Великобритании, которое может быть интересно для нас, обыкновенных людей. Оно касается вопроса, действительно ли вирус в какой-то момент изменяет свои свойства. Это может как-то существенно сказаться на передаче, на патогенном потенциале, как-то повлияет на иммунитет? Возможно, вы можете рассказать про это исследование и объясните, в чем его значение?

Кристиан Дростен
Да, есть исследование, опубликованное очень авторитетной лабораторией по анализу последовательностей в Лос-Аламосе, США. Это комплекс лабораторий, и там среди прочего есть генетический банк. Там работают специалисты невероятно высокого уровня, которые занимаются анализом последовательностей самого разного происхождения. Речь идет о наблюдении, которое уже описывали в небольших исследованиях, а именно о заменах в определенном участке поверхностного протеина. Вирусы, в которых присутствует эта замена, как выяснилось, все большее распространяются по всему миру. Изначально во многих странах был описан вирусный вариант, не имеющий такой замены. Но затем она появилась, и с течением времени такой вирус стал доминирующим. Это происходило все чаще и чаще во время соответствующих локальных вспышек, до тех пор, пока во многих местах благодаря локдауну не снизилась общая инфекционная активность, так что во многих местах сейчас уже не так легко определить, какой вирусный вариант преобладает. На первый взгляд, это звучит как будто бы тревожно. И это, кстати, тоже сказано в исследовании. В нем присутствует слово "тревожно". Это о чем-то говорит. Ученые не так часто используют слово "тревожный" в научных статьях.

Коринна Хенниг
То есть это относится к путям передачи и патогенности, то есть возможности вызвать заболевание?

Кристиан Дростен
Верно. Здесь объясняются две идеи о том, что может за этим стоять. Одна из них заключается в том, что это может дать вирусу определенное структурное преимущество. Проще говоря, поверхностный протеин состоит из отдельных строительных блоков, и эта мутация может привести к тому, что строительные блоки будут лучше прикрепляться друг к другу. Это может быть преимуществом для вируса, но это не известно. Другое объяснение заключается в том, что, возможно, что эта мутация находится в том участке поверхностного протеина, против которого образуются хорошие антитела. Мы говорим о доминантном В-клеточном эпитопе. И эти антитела, это также теоретическое соображение, основанное на молекулярной структуре, которая может привести к тому, что когда эти антитела связываются с участком поверхностного протеина, он становится немного плотнее и в результате связывание рецептора становится более прочным. Это всего лишь соображение, основанное на молекулярной структуре.

Эти ученые прогнозируют последовательности, причем так, что предсказывают молекулярные структуры с учетом таких возможных мутаций. Их выводы, однако, нуждаются в лабораторном подтверждении. Должен сказать, что их теоретические соображения звучат убедительно. Настолько убедительно, что я бы сказал, что с этим стоит поэкспериментировать. Например, я мог бы сказать одному из моих сотрудников: давай реконструируем это в лаборатории с помощью искусственного вируса, и посмотрим, что все именно работает именно так. На то, чтобы это сделать, потребуется два или три месяца. Потом еще два-три месяца на изучение. Но оно того стоит. Это настолько тревожные предположения, что я бы потратил на это время. Мы этого не делаем только потому, что в статье сказано, что эти исследования уже проводит другая группа. Мы не можем выиграть эту гонку. Вот почему мы в Берлине предпочитаем делать что-то другое.

Сейчас я должен сказать еще кое-что: при таких наблюдениях можно сильно ошибиться. Для экспертов, которые за всем этим следят, я должен еще раз сказать, что здесь мне приходится многое упрощать. Я постоянно делаю это, чтобы было понятно. Здесь можно сказать следующее: эта мутация не появилась из ниоткуда и не появлялась из ниоткуда несколько раз. Это было бы то, что эволюционные биологи назвали бы так называемой конвергенцией. Если одна и та же мутация появляется несколько раз параллельно на разном генетическом фоне в разных местах мира — то можно сказать, что это с большой вероятностью указывает на изменение фенотипа, естественный отбор, преимущество приспособленности. Но здесь это не убедительно продемонстрировано. На самом деле, здесь мы видим, что это типичная мутация отрезка филогенетического дерева. И этот отрезок филогенетического дерева стал известен и разросся во время эпидемии.  Произошло ли это случайно или из-за преимущества в отборе, мы сегодня сказать не можем. Но есть большая вероятность, что это произошло случайно.

Можно представить себе его как дерево в саду, которое неправильно постригли много лет назад, когда оно еще было очень маленьким. И теперь у него из ствола отходят две большие ветви — одна чахлая, а другая огромная, из которой растет все остальное. Каждый может себе представить, как это выглядит. И примерно как-то так выглядит генеалогическое древо этих вирусов SARS-2. Эта чахлая ветка не такая уж и чахлая. Но она немного меньше и не так сильно разрослась.

И эти вирусы, которые находятся на чахлой ветке, в начале они встречались в Ухане и распространялись в основном в Китае, а некоторые из них оказались на западном побережье США. Затем китайцы ввели локдаун и ликвидировали все вирусы, которые циркулировали в Ухане, а у американцев была только очень маленькая вспышка. Она распространилась, но они не заметили ее поначалу — это была всего лишь незаметная первая вспышка. И то, из чего потом выросла большая ветка, распространилось в Китае еще до начала локдауна, особенно сильно в районе Шанхая. Оттуда этот вирус попал в Европу. Мы знаем, что из Шанхая летает гораздо больше рейсов по всему миру, чем из Ухани. Шанхай — это транзитный узел, огромный город, деловой центр, у которого множество связей с западом. Из Шанхая эта вирусная линия, по-видимому, распространилась не один раз, а множество раз по всему миру. Крупнейшие европейские вспышки, сначала в Италии, потом во Франции и Испании, были вызваны этой линией. Как уже доказано, вирус был завезен из Европы на восточное побережье США, и там он вызвал большую вспышку в Нью-Йорке и многие другие суб-вспышки на восточном побережье США — но и на западном побережье тоже, вместе с изначальным вирусом из Китая. Из того, что я рассказываю, можно представить себе, что возможно, это просто совпадение, что именно Шанхайская линия распространилась быстрее, вызвала в Европе вспышку, а потом распространилась по всей Европе, отчасти благодаря людям, которые катались на лыжах в Италии. Наверное, у этого типа вируса было больше возможностей распространиться по всему миру, чем для другого типа вируса, у которого случайно не было этой мутации. Мы не узнаем наверняка, пока не исследуем в лаборатории, имеет ли эта мутация какое-либо функциональное значение. Авторы попытались проанализировать, связано ли наличие этой мутации вируса с более тяжелым течением заболевания у пациента, и это не подтвердилось.

Коринна Хенниг
Но речь может идти и о потенциале заражения?

Кристиан Дростен
Или также — и это главное предположение — о скорости распространения. Разрослась ли эта большая нижняя ветвь дерева настолько сильно, потому что люди с этим типом вирусом больше летали и сильнее его распространили? Или же, возможно, у него выше скорость передачи, потому что у этого вирусного варианта выше приспособленность?

Коринна Хенниг
Но для нас, простых людей, в конечном счете, не имеет значения, произошло это случайно или нет, если этот вариант уже так сильно распространился.

Кристиан Дростен
В любом случае. Было бы важно выяснить, обладает ли основной европейский вирус более высокой патогенной активностью, чем основной американский вирус. Хотя сейчас этот вирус становится главным вирусом и здесь, и в США. Крупная нью-йоркская вспышка, например, была вызвана в основном европейским вирусом. Основной вопрос, который задается, является ли этот вирус более опасным, чем другой подтип. Это важно с медицинской точки зрения. Но пока у нас нет на него ответа. Но важно еще раз сказать — ученый публикует статью. Пресс-служба пишет пресс-релиз. Газеты подхватывают его, а затем он просачивается повсюду. И с каждым шагом информация немного укорачивается.

Коринна Хенниг
А беспокойство возрастает.

Кристиан Дростен
Верно, беспокойство растет, сенсация разрастается, и в итоге появляются заголовки с вопросительным знаком. Затем это политизируется, но за всем этим в конце стоит эксперт, который должен сказать: стоп, стоп, стоп, давайте еще раз трезво на все взглянем и не будем преувеличивать. […]

Перевод: Анастасия Бродская

Назад

больше новостей